بدأت العلاقات بين مصر وكينيا منذ فترة ما قبل الاستقلال الكيني حيث قامت مصر خلال عهد الرئيس جمال عبد الناصر بمساندة حركة "الماو ماو" الكينية من خلال حملة إعلامية ودبلوماسية مركزة ضد الاستعمار البريطانى لكينيا.

وتم تخصيص إذاعة موجهة من مصر للشعب الكيني لمساندته فى نضاله لتحرير بلده باسم "صوت أفريقيا"، وهى أول إذاعة باللغة السواحيلية تبث من دولة أفريقية لدعم كينيا فى الحصول على استقلالها.

جعلت مصر من قضية "الماو ماو" قضية أفريقية، وسعت إلى الإفراج عن الزعيم الكينى جومو كينياتا الذى احتجزته سلطات الاحتلال البريطانى عام 1961.

 وكانت القاهرة أول عاصمة تستقبل المناضلين الكينيين، وتمدهم بكل المساعدات الممكنة لتنشيط حركتهم داخل كينيا وعلى رأسهم : أوجينجا أودينجا، وتوم مبويا، وجيمس جيشورو، وجوزيف موروبي وغيرهم مثل أعضاء حزب الاتحاد الوطنى الأفريقي الكيني وحزب الاتحاد الديمقراطي الكيني حيث فتح الحزبين مكاتب لهما بالقاهرة خلال هذه الفترة، وتكللت الجهود المصرية فى دعم الكفاح الكينى بحصول كينيا على استقلالها فى عام 1963.

في عام 1964 تحولت كينيا إلى جمهورية وبدأت العلاقات الدبلوماسية مع مصر وافتتحت سفارتها بالقاهرة، وخلال اعتماده أوراق أول سفير لجمهورية كينيا بالقاهرة عبر له الرئيس عبد الناصر عن إعجابه بكفاح الشعب الكينى من أجل الحرية والاستقلال بزعامة "جومو كينياتا" الذى أصبح أول رئيس لكينيا بعد الاستقلال.

 وأبدى عبد الناصر استعداده للتعاون الكامل مع كينيا وكافة الدول الأفريقية من أجل تعزيز قوة أفريقيا وتنمية مواردها بما يساهم فى تدعيم وحدتها.

فى عام 1964 استضافت مصر مؤتمر القمة الأفريقى الثانى، وعلى هامش جلسات المؤتمر أبدى الرئيس عبد الناصر استعداده للتعاون العسكرى مع كينيا وأجابه الرئيس كينياتا بالإعراب عن رغبته فى التخلص من القوات البريطانية الموجودة فى بلاده.

 ومساندة مصر لكينيا ومساعدتها فى بناء الجيش الكينى الوطنى، وبالفعل كلف عبد الناصر وزير إعلامه "محمد فايق" بالسفر إلى نيروبى، وأثناء الزيارة تم الاتفاق على تدريب كتيبة مظلات، وإرسال خبراء عسكريين مصريين لتدريب الجيش الكينى، بعد التخلص من الضباط الإنجليز بالإضافة لإرسال أعداد من الضباط الكينيين للتدريب فى مصر.

يذكر فى هذا الصدد الكلمة الشهيرة للرئيس جومو كينياتا " سنظل نذكر ناصر دائماً أن مساندته لأفريقيا حررت الكثير من دولها".

فى عام 1967 بدأ تنفيذ مشروع "الهيدروميت" بمشاركة مصر وكينيا ضمن 5 دول من حوض النيل انضمت إليه فيما بعد 4 دول أخرى، استهدف المشروع دراسة الأرصاد الجوية والمائية لحوض البحيرات الاستوائية، ووضع خطط تنمية الموارد المائية، ودراسة الاتزان المائى لنهر النيل.

 وبمقتضى المشروع أقيمت محطات رصد فى مجمعات الأمطار الرئيسية وهى بحيرات فيكتوريا وكيوجا وألبرت، وحظى بتمويل دولى من العديد من الدول المانحة وبرنامج الأمم المتحدة الإنمائى ومنظمة الأرصاد العالمية.

كانت كينيا ضمن الدول الأفريقية التى قطعت علاقاتها الدبلوماسية مع اسرائيل عقب حرب أكتوبر 1973، حيث اتخذ المجلس الوزاري لمنظمة الدول الأفريقية، الذي عُقد في نوفمبر 1973 قراراً بقطع العلاقات الدبلوماسية بإسرائيل، ومطالبتها بالانسحاب من الأراضي المحتلة ومنح الشعب الفلسطيني حق تقرير المصير.

فى فبراير 1984 قام الرئيس الأسبق بزيارة كينيا ضمن جولة أفريقية زار فيها كل من زائير والصومال وتنزانيا، وعرض أن تكون مصر جسراً بين الدول العربية والشعوب في إفريقيا وكوسيط محتمل في حل نزاعات القارة.

فى عام 1998 انضمت مصر إلى اتفاقية الكوميسا التى تضم 22 دولة أفريقية، وكانت كينيا قد وقعت على نصوص الاتفاقية أثناء انعقاد المؤتمر الوزارى بالعاصمة المالاوية ليلونجوى عام 1994.

 وتمثل الكوميسا بالنسبة لمصر أهمية خاصة من الناحية الجيوبوليتيكة حيث إنها تتمتع بموقع جغرافى متميز حيث تجاور العالم العربى ومنطقة القرن الأفريقيى ودول حوض النيل أى أنها بمثابة حزام الامان يحيط بمصر.